Die Fluoreszenz-Mikroskopie wird eingesetzt, um Zellbestandteile selektiv und mit hohem Kontrast sichtbar zu machen. Meistens werden die Stoffe mit Fluoreszenzmarkern angefärbt.
Bei dem Verfahren werden die Zellen mit einer bestimmten Wellenlänge angeregt und das Fluorochrom antwortet mit einer spektral ins Rote verschobenen Fluoreszenz. Durch spezielle Filterkombinationen wird sichergestellt, dass nur das Fluoreszenzsignal beobachtet wird. Im Allgemeinen besteht diese Kombination aus 3 Filtern, die in einem Würfel angeordnet sind.
