Dans la microscopie Confocale seulement une tache de faisceau limitée par la diffraction des échantillons est illuminée. Avec cette tache de faisceau l'échantillon étant examiné est balayé point par point. La lumière réfléchie est détectée en utilisant un module de comptage de photon pour la reconstruction suivante de l'image. En raison de la résolution axiale élevée des microscopes confocaux, on peut créer des images tomographiques qui rendent possible une reconstruction 3D de l'objet.