La microscopie de fluorescence est employée pour rendre les cellules choisies visibles, en assurant un fort contraste. Les échantillons sont habituellement repérés avec des marqueurs de fluorescence. 



Dans ce processus, les cellules sont excitées avec une longueur d'onde spécifique et le fluoro-chrome répond avec une fluorescence qui s’est décalée dans le domaine spectral rouge. L'utilisation de combinaisons spéciales de filtres permet de s'assurer que seulement le signal de fluorescence est surveillé. Généralement cette combinaison se compose de trois filtres disposés dans un cube.